地理位置
本系位於成功大學成杏校區，鄰近醫學院、生醫卓群大樓與自強校區工學院，地處醫學與工程領域交會的核心位置。依校區平面圖所示，本系所在區域鄰近醫學院與生醫卓群大樓，往來醫學院、附設醫院與工學院等教學研究空間皆十分便利。
憑藉鄰近醫學院與臨床場域的地理優勢，本系與臨床醫學保持緊密合作。學生與研究團隊能在實作過程中觀察醫療需求、進行實驗設計、蒐集與分析數據，並結合扎實的工程訓練，整合跨領域專業，推動醫學工程研究與醫療科技創新。
交通方式
自行開車
南下：沿國道一號南下，於大灣交流道下，右轉接復興路，續行至小東路後右轉，直行即可抵達成杏校區。本系位於成杏校區內，鄰近醫學院與生醫卓群大樓。若由國道三號南下，可轉國道八號西向，再接國道一號南向。
北上：沿國道一號北上，於仁德交流道下，左轉沿東門路往台南市區方向行駛，至中華東路右轉北向，接小東路後左轉，直行即可抵達成杏校區。本系位於成杏校區內，鄰近醫學院與生醫卓群大樓。若由國道三號北上，可轉台86線快速道路西向，再接國道一號北向。
搭乘火車
搭乘台鐵至台南站下車後，請由後站出口出站，沿大學路步行，至勝利路左轉，再於小東路右轉，步行約100公尺即可抵達成杏校區入口。進入校區後，往醫學院方向前進，本系位於成杏校區內，鄰近醫學院與生醫卓群大樓。
搭乘高鐵
搭乘台灣高鐵至台南站後，可轉乘台鐵沙崙線至台南火車站。抵達台南站後，請由後站出口出站，沿大學路步行，至勝利路左轉，再於小東路右轉，步行約100公尺即可抵達成杏校區入口。進入校區後，往醫學院方向前進，本系位於成杏校區內，鄰近醫學院與生醫卓群大樓。