本系學生榮獲「教育部跨域晶片設計應用創新專題實作競賽」銀獎殊榮
沿革
本所（醫學工程研究所）創立於1988年，迄今已有三十餘年歷史。 成立初期整合本校生物力學、醫學電子、生醫材料、醫療資訊及復健科技等相關領域， 原僅招收博士班與碩士班研究生。
自2011年起開始招收大學部學生，並正式更名為「生物醫學工程學系」， 致力於推動醫學與工程結合的跨領域研究與教學。
本校工學院歷史悠久，設有十八系所，規模為全國之冠。 民國七十三年政府推動十四項重大建設之一的國立成功大學醫學院， 以發展醫學工程為重要特色。 醫學院與工學院亦建立高度共識， 積極合作推動醫學工程與相關技術研究， 本系肩負推動此項跨領域發展的重要任務。
任務
針對多元社會與產業需求，本系整合生物力學、醫學電子、 生醫材料、生醫診斷技術、醫療資訊及復健科技等相關領域， 培養具備深厚理論基礎、創新實作能力、人文素養與國際視野的生醫工程人才。
目標
本系以工學院既有之設備、師資與研究資源為基礎， 並結合醫學院與教學醫院之臨床設備與專業師資， 培養兼具工程科學與生物醫學專業能力的人才， 使其能投入醫療科技研發與創新。
同時，本系亦協助臨床醫師培養現代工程科技能力， 促進醫療、診斷與研究之整合， 提升整體醫療科技水準並與國際接軌。