沿革
本所（醫學工程研究所）創立於 1988 年，迄今已有三十餘年歷史。成立初期整合本校生物力學、醫學電子、生醫材料、醫療資訊及復健科技等相關領域，原僅招收博士班與碩士班研究生。
自 2011 年起開始招收大學部學生，並正式更名為「生物醫學工程學系」，致力於推動醫學與工程結合的跨領域研究與教學。
2017 年，因應全球新興趨勢與國際化發展需求，在蘇芳慶特聘教授的領導與積極規劃下，成立「醫療器材創新國際碩士班」。本班以醫療科技創新產業為核心，整合創新、設計、製造、服務與行銷，推動跨領域研發。課程與研究以需求導向創新為主軸，致力培育具備醫療器材創新能力的優秀專業人才。
本校工學院歷史悠久，設有十八系所，規模為全國之冠。民國七十三年政府推動十四項重大建設之一的國立成功大學醫學院，以發展醫學工程為重要特色。醫學院與工學院亦建立高度共識，積極合作推動醫學工程與相關技術研究，本系肩負推動此項跨領域發展的重要任務。
任務
針對多元社會與產業需求，本系整合生物力學、醫學電子、生醫材料、生醫診斷技術、醫療資訊及復健科技等相關領域，培養具備深厚理論基礎、創新實作能力、人文素養與國際視野的生醫工程人才。
目標
本系以工學院既有之設備、師資與研究資源為基礎，並結合醫學院與教學醫院之臨床設備與專業師資，培養兼具工程科學與生物醫學專業能力的人才，使其能投入醫療科技研發與創新。
同時，本系亦協助臨床醫師培養現代工程科技能力，促進醫療、診斷與研究之整合，提升整體醫療科技水準並與國際接軌。
招生
推薦甄試：25 名
審查方式：書面審查 50% + 面試 50%
- 甲組：11 名（生物力學、生醫材料、組織工程、復健工程、細胞力學、生醫晶片）
- 乙組：9 名（醫學電子與資訊、醫療量測與系統、生醫感測）
- 丙組：5 名（醫學、生物科技或健康照護相關背景）
招生資訊詳見本校教務處推薦甄試公告。每年 9 月底開放報名。
一般入學：15 名
審查方式：書面審查 50% + 面試 50%
- 甲組：5 名（生物力學、生醫材料、組織工程、復健工程、細胞力學、生醫晶片）
- 乙組：5 名（醫學電子與資訊、醫療量測與系統、生醫感測）
- 丙組：5 名（醫學、生物科技或健康照護相關背景）
招生資訊詳見本校教務處一般入學公告。每年 11 月底開放報名。