| 任別 | 系主任/所長 | 任期期間 |
| 創所所長 | 周有禮教授 | 1988-1994 |
| 第二任 | 張冠諒教授 | 1994-1997 |
| 第三任 | 鄭國順教授 | 1997-2000 |
| 第四任 | 蘇芳慶教授 | 2000-2003 |
| 第五任 | 張憲彰教授 | 2003-2006 |
| 第六任 | 張志涵教授 | 2006-2009 |
| 創系主任 | 陳家進教授 | 2009-2012 |
| 第八任 | 陳天送教授 | 2012-2015 |
| 第九任 | 陳家進教授 | 2015-2018 |
| 第十任 | 葉明龍教授 | 2018-2021 |
| 第十一任 | 邱文泰教授 | 2021- |
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| 任別 | 系主任/所長 | 任期期間 |
| 創所所長 | 周有禮教授 | 1988-1994 |
| 第二任 | 張冠諒教授 | 1994-1997 |
| 第三任 | 鄭國順教授 | 1997-2000 |
| 第四任 | 蘇芳慶教授 | 2000-2003 |
| 第五任 | 張憲彰教授 | 2003-2006 |
| 第六任 | 張志涵教授 | 2006-2009 |
| 創系主任 | 陳家進教授 | 2009-2012 |
| 第八任 | 陳天送教授 | 2012-2015 |
| 第九任 | 陳家進教授 | 2015-2018 |
| 第十任 | 葉明龍教授 | 2018-2021 |
| 第十一任 | 邱文泰教授 | 2021- |